Dirigentes de 2009
Autoridades da República
Presidente : Luiz Inácio Lula da Silva – término do primeiro mandato em 01.01.2007
Luiz Inácio Lula da Silva – posse do segundo mandato em 01.01.2007
Vice-presidente : José Alencar Gomes da Silva - (01.01.2007)
Vínculo Administrativo
O CNPq é subordinado ao Ministério da Ciência e Tecnologia
Ministro: Sérgio Machado Rezende - (21.07.2005 - atual)
Dirigentes do CNPq
Presidente:
Marco Antônio Zago (2007 - 2010)
Vice-presidente: Wrana Maria Panizzi (21.07.2007 - atual)
Diretor de Administração:
Gilberto Pereira Xavier
Cláudio da Silva Lima (Substituto)
Diretor de Programas Temáticos e Setoriais:
José Oswaldo de Siqueira
Maria Auxiliadora da Silveira Pereira Neves (Substituta)
Diretor de Programa Horizontais e Instrumentais:
José Roberto Drugowich de Felício
Márcio Ramos de Oliveira (Substituto)
Conselho Deliberativo
| Nome | Instituição | Representação |
| Dr. Marco Antonio Zago | CNPq | Institucional |
| Vago | CNPq | Institucional |
| Dr. Luiz Antonio Rodrigues Elias | MCT | Institucional |
| Dr. Luís Manuel Rebelo Fernandes | FINEP | Institucional |
| Dr. Jorge Almeida Guimarães | CAPES | Institucional |
| Profa.Céli Regina Jardim Pinto | UFRG | Representante da Comunidade Científica |
| Prof. Fábio Wanderley Reis | UFMG | Representante da Comunidade Científica |
| Prof. Jacobus Willibrordus Swart | Unicamp | Representante da Comunidade Científica |
| Prof. Luiz Davidovich | UFRJ | Representante da Comunidade Científica |
| Prof. Reinaldo Felippe Nery Guimarães | Fiocruz | Representante da Comunidade Científica |
| Prof. Sílvio Roberto de Azevedo Salinas | USP | Representante da Comunidade Científica |
| Vago | - | Representante da Comunidade Tecnológica |
| Dr. Afrânio Aragão Craveiro | Padetec/UFC | Representante da Comunidade Tecnológica |
| Dr. Aldair Tarcísio Rizzi | UFPR | Representante da Comunidade Tecnológica |
| Vago | - | Representante da Comunidade Empresarial |
| Vago | - | Representante da Comunidade Empresarial |
| Vago | - | Representante da Comunidade Empresarial |
| Roberto Muniz Barretto de Carvalho | CNPq | Representante dos Servidores do CNPq |
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